El colegio introdujo este programa hace dos años. Su objetivo es que los alumnos se titulen en el Bachillerato español y norteamericano a todos los efectos y puedan acceder a una universidad norteamericana o bien tener un mejor curriculum para una universidad española. Mediante este programa se obtienen las dos titulaciones de forma simultánea (la titulación española de forma presencial) y la norteamericana on-line, en 6 asignaturas de High School. Les examinan de estas asignaturas profesores norteamericanos.

Alumnos de Ayalde-Munabe organizan y participan en inglés en el proyecto MUN (Model United Nations) junto con otros colegios internacionales reproduciendo las instituciones de la ONU y actuando en distintos comités y delegaciones. Las resoluciones aprobadas en MUN se envían a la sede central en Nueva York. La finalidad de estos congresos es llevar a cabo acciones que permitan conseguir los 17 objetivos de Desarrollo Sostenible (ODS) propuestos por la ONU. De hecho, este organismo invitó a algunos de nuestros alumnos a exponerlos en su primera Cumbre de Jóvenes desarrollada en la sede de las Naciones Unidas de Nueva York.  

El dominio de las lenguas de nuestros alumnos está avalado por los exámenes externos a los que se van presentando las alumnas. Somos centro examinador de Cambridge y del Delf. En el caso del euskera se presentan a los niveles validados por la Escuela Oficial de Idiomas (Hizkuntza Eskola). La intensa colaboración y el prestigio alcanzado por nuestros alumnos nos han convertido en partner de primer nivel de entidades examinadoras

Alumnos de Bachillerato de Ayalde-Munabe participan en el Programa Excellence, un programa de formación en competencias para la vida universitaria y profesional, auspiciado por la Universidad de Navarra. Este programa se propone que los estudiantes alcancen los siguientes objetivos: adquirir la madurez intelectual, propiciar la excelencia académica, desarrollar una visión humanista, desarrollar hábitos de rigor intelectual, diálogo y argumentación, así como de capacidad crítica e interés por la verdad. Los alumnos que forman parte del programa tienen que presentar a final de curso, ante un tribunal universitario, un trabajo de investigación o tesina.

El colegio Ayalde-Munabe cuenta con un departamento de Orientación Universitaria tanto para estudiar en universidades de España como de Estados Unidos, Canadá o Inglaterra. Trabajamos para que los alumnos cuenten con todos los datos necesarios a la hora de tomar una de las decisiones que marcarán su futuro profesional y personal.